עם פרוץ המלחמה נסגרה התחנה בשדרות מחשש לירי נ"ט והופסקה הפעילות בקו לאשקלון. בינואר הוצבו קירות וקרונות מיגון והקו נפתח חלקית. כיממה לאחר שציינו בישראל שנתיים לטבח, ובתום הפעילות בבית חאנון שבצפון הרצועה, צה"ל הודיע לרכבת כי המיגון יוסר: "המרחב איננו מצוי עוד תחת איום ירי ישיר"