עיריית חיפה ביקשה להוציא צו מניעה זמני שיקפיא את העבודות בחלקה הדרומי של העיר, בטענה להפרת הסכמי עבר לשיקוע המסילות ולפגיעה בחיבור העיר לים. מנגד טענו המדינה והרכבת כי עצירת הפרויקט תפגע בתחבורה הציבורית – ובית המשפט סלל את הדרך להמשך העבודות, שהתעכבו בכשנה בגלל ההליך